机械电子工程系由原吉林工业大学机械电子工程专业、流体传动与控制专业及原长春科技大学相关专业整合而成。2007年，机械电子工程被遴选为首批一级学科国家重点学科，2017年，统筹建设的机械电子工程学科被遴选为国家国防特色学科。近年来新增空海一体化智能平台、无人机设计及运用等研究方向。建有机械电子工程博士点、机械工程博士后流动站。承担工学专业基础课《工程流体力学》及专业必修课《控制工程基础》《机电系统控制技术与实践》《液压与气压传动》等主干课程。
本系现有教师和实验技术人员25人，88%教师具有博士学位，64%的教师在45周岁以下，是一支以中青年骨干教师为主体，朝气蓬勃的高学历、高水平学科团队。22名教师中有教授5人，副教授14人，讲师3人，教师中具有博士学位的21人。现有专任及实验教师3人，其中正高级职称1人，高级工程师2人。
本系主要研究方向为：流体传动与控制，工程机械液压传动，工程机器人，空海一体化智能平台、无人机设计及运用。
近年以来，承担了一批国家“863”项目，国家“709”项目，国家自然科学基金项目，国家重点研发计划、全军重大科技攻关项目及总后勤部、总装备部项目等，科研经费总计达2202.5万元。获得部省级奖3项、省级教学成果奖1项，中国石油化学工业优秀科技图书一等奖1项。在学校“九·五”、“十·五”、“211工程”和“985”二期工程建设过程中，该学科得到了重点建设，共投入建设资金618万元，所建的试验设备达到了国内一流水平。
我系与日本东北大学、山形大学、岐阜大学、加拿大萨斯格功温大学、多伦多大学等国外高校，以及国内浙江大学、哈尔滨工业大学等具有高水平的同类学科的高校保持着密切的学术交流与长期协作关系。
近年来，我系培养的各层次学生基础扎实，知识面宽，动手能力强，普遍受到用人单位的好评。